साल 2007 में पत्रकार बीजी वर्गीज और गीतकार जावेद अख्तर ने याचिका दायर कर गुजरात में 22 कथित फर्जी मुठभेड़ों की जांच की मांग की थी. उस समय नरेंद्र मोदी मुख्यमंत्री थे.
सीबीआई ने कोर्ट में कहा कि उसने गुजरात सरकार से मुकदमा चलाने के लिए इजाजत मांगी थी लेकिन अभी तक कोई जवाब नहीं आया है.
राज्य सरकार ने 2004 में इशरत जहां मुठभेड़ मामले में ज़मानत पर बाहर आईपीएस अधिकारी जीएल सिंघल को प्रमोशन देते हुए उन्हें पुलिस महानिरीक्षक (आईजीपी) के पद पर नियुक्त किया है.
सोहराबुद्दीन शेख फर्जी मुठभेड़ मामले की सुनवाई के दौरान एक गवाह ने कहा कि पूर्व आईपीएस अधिकारी डीजी वंजारा के कहने पर सोहराबुद्दीन ने हरेन पंड्या की हत्या की थी.
विशेष सीबीआई अदालत में डीजी वंजारा को आरोप मुक्त करने से जुड़ी अर्जी पर हो रही सुनवाई में उनके वक़ील ने कहा कि सीबीआई द्वारा इशरत की कार को लेकर दी गई थ्योरी ग़लत है.
मामले में आरोपी गुजरात पुलिस के वरिष्ठ अधिकारी का वंजारा का कहना है कि इस मामले में गुप्त रूप से मोदी से पूछताछ हुई थी, लेकिन इस बात को रिकॉर्ड पर नहीं रखा गया.
सीबीआई की विशेष अदालत ने कहा कि इशरत जहां समेत तीन अन्य लोगों के अपहरण और हत्या के आरोप में पांडे के ख़िलाफ़ कोई सबूत नहीं हैं.