अलीगढ़ पुलिस की ओर से दर्ज एफआईआर में कहा गया है कि 15 दिसंबर की रात हुई हिंसा के दौरान प्रदर्शनकारियों ने देसी पिस्तौल से पुलिस पर फायरिंग की थी. एफआईआर में अलीगढ़ छात्रसंघ के अध्यक्ष का नाम भी शामिल है.
भाजपा युवा मोर्चा के मुकेश लोधी की शिकायत के बाद अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय के 14 छात्रों पर राजद्रोह का मुकदमा दर्ज किया गया था. आरोप है कि कैंपस में भारत विरोधी और पाकिस्तान के समर्थक में नारे लगाए गए थे.
आरोप है कि अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में आतंकी मन्नान वानी की नमाज़-ए-जनाज़ा पढ़ने की कोशिश के दौरान कश्मीरी छात्रों ने देश विरोधी नारे लगाए. तीन लोगों के ख़िलाफ़ देशद्रोह का मुक़दमा दर्ज. 1200 से ज़्यादा कश्मीरी छात्रों की मांग है कि ये मुक़दमा वापस लिया जाए.