2017 में एनएचआरसी ने अपनी जांच में पाया था कि अक्टूबर 2016 में कथित तौर पर भोपाल जेल तोड़कर भागे आठ विचाराधीन क़ैदियों की मुठभेड़ में मौत के बाद से जेल में रहने वाले सिमी से जुड़े 28 क़ैदियों को प्रताड़ित करते हुए बुनियादी मानवाधारिकारों से वंचित रखा गया. आयोग ने जेल अधिकारियों के ख़िलाफ कानूनी कार्रवाई की सिफारिश की थी.
प्रतिबंधित संगठन सिमी के आठ विचाराधीन क़ैदी 30 अक्टूबर की रात भोपाल केंद्रीय जेल से एक सुरक्षाकर्मी की हत्या करने के बाद फ़रार हो गए थे. इसके बाद पुलिस ने 31 अक्टूबर की सुबह आठों क़ैदियों को मार गिराया था.
राष्ट्रीय मानवाधिकार आयोग ने एक जांच में भोपाल सेंट्रल जेल में सिमी से जुड़े विचाराधीन कैदियों से साथ उत्पीड़न की शिकायतों को सही पाया है और इसके लिये जेल स्टाफ के ख़िलाफ़ क़ानूनी कार्यवाही की अनुशंसा की है.
राज्य मानवाधिकार आयोग का कहना है कि बच्चे और लड़की के चेहरे पर जेल प्रशासन द्वारा मुहर लगाना मानवाधिकारों और बाल अधिकारों का उल्लंघन है.
कैदियों के परिजनों ने उत्पीड़न के आरोप लगाते हुए राष्ट्रीय मानवाधिकार आयोग का दरवाजा खटखटाया था.