सीबीआई ने कहा कि चूंकि अब वे राज्यपाल नहीं हैं इसलिए बाबरी विध्वंस मामले में उनके ख़िलाफ़ कार्रवाई शुरू की जानी चाहिए. राजस्थान के राज्यपाल के पद से हटे कल्याण सिंह ने फिर भाजपा की सदस्यता ली है.
2017 में सुप्रीम कोर्ट ने वरिष्ठ भाजपा नेता लालकृष्ण आडवाणी, मुरली मनोहर जोशी और उमा भारती के ख़िलाफ़ बाबरी विध्वंस मामले में आपराधिक षड्यंत्र के आरोप बहाल करने का आदेश दिया था. उस दौरान उत्तर प्रदेश के मुख्यमंत्री रहे कल्याण सिंह को राजस्थान का राज्यपाल होने के नाते मुक़दमे का सामना करने के लिए संवैधानिक छूट मिली हुई है.