गृह मंत्रालय ने एफसीआरए आवेदनों को अस्वीकार करने के कारणों की सूची दी है, जिसमें 'विकास विरोधी गतिविधियों, जबरन धर्मांतरण और देश विरोधी प्रदर्शन आदि में शामिल होने' को एफसीआरए लाइसेंस रद्द या रिन्यूअल अस्वीकार होने की वजह बताया गया है.
शीर्ष अदालत द वायर की पत्रकार सुकन्या शांता द्वारा दायर एक जनहित याचिका पर सुनवाई कर रही थी, जिसमें उन्होंने अपनी पड़ताल के आधार पर बताया है कि कई राज्यों के जेल मैनुअल जेलों में जाति-आधारित भेदभाव को बढ़ावा देते हैं, जहां जेलों के अंदर काम के आवंटन में भेदभाव किया जाता है.
केंद्रीय गृह मंत्रालय ने एक एडवाइज़री जारी कर कहा है कि राज्यों और केंद्र शासित प्रदेशों को यह सुनिश्चित करना चाहिए कि उनके जेल मैनुअल में कैदियों को उनकी जाति और धर्म के आधार पर अलग करने या दायित्व सौंपने का प्रावधान न हो. कुछ जेल मैनुअल ऐसी भेदभावपूर्ण प्रथाओं का प्रावधान कर रहे हैं.