'द हिंदू' अख़बार ने दावा किया है कि फ्रांस सरकार के साथ रफाल समझौते को लेकर रक्षा मंत्रालय के साथ-साथ पीएमओ भी समानांतर बातचीत कर रहा था. द वायर द्वारा भी इस साल जनवरी में एक रिपोर्ट में बताया गया था कि रक्षा मंत्रालय के रफाल करार की शर्तों को लेकर प्रधानमंत्री कार्यालय समझौता कर रहा था.
कांग्रेस ने भाजपा नेता और गोवा के स्वास्थ्य मंत्री विश्वजीत पी. राणे के साथ एक अज्ञात व्यक्ति की बातचीत की रिकॉर्डिंग जारी की है. इसमें कथित रूप से राणे एक व्यक्ति को बता रहे हैं कि राफेल से संबंधित दस्तावेज़ मनोहर पर्रिकर के बेडरूम में हैं.
सरकारी फाइलों में दर्ज है कि दिसंबर 2015 में जब समझौता वार्ता नाजुक मोड़ पर थी, उस समय प्रधानमंत्री कार्यालय ने हस्तक्षेप किया था.
सार्वजनिक क्षेत्र की हिंदुस्तान एरोनॉटिक्स लिमिटेड के प्रमुख आर.माधवन ने कहा कि राफेल सौदे की शुरुआत में एचएएल राफेल विमान बनाने में सक्षम थी लेकिन मौजूदा सरकार 36 विमानों की डिलीवरी जल्द से जल्द चाहती थी, जो भारत में बनाना संभव नहीं था.