टाइम्स ऑफ इंडिया ने साल 2007 में 'एएमयूः व्हेयर द डिग्रीज़ आर सोल्ड लाइक टॉफीज़' शीर्षक से एक लेख छापा था, जिसमें एक अनाम स्रोत के हवाले से कहा गया था कि यूनिवर्सिटी में टॉफियों की तरह डिग्री बांटी जाती हैं. इसके बाद एक पूर्व छात्रसंघ नेता ने अख़बार पर मुक़दमा दायर किया था.
हिंदू युवा वाहिनी के अलीगढ़ महानगर अध्यक्ष भारत गोस्वामी ने कहा, हिंदूवादी सरकार में तेजोमहालय में पूजा से रोका गया है.