आप विधायक अमानतुल्लाह ख़ान के ख़िलाफ़ दो मामले दर्ज हैं. एक वक़्फ़ बोर्ड नियुक्तियों में कथित अनियमितताओं से संबंधित है, जिसमें सीबीआई द्वारा एफआईआर दर्ज की गई है. वहीं, दूसरा मामला दिल्ली एंटी करप्शन ब्यूरो ने कथित आय से अधिक संपत्ति को लेकर दर्ज किया है.
केंद्रीय आवास एवं शहरी मामलों के मंत्रालय ने दिल्ली वक़्फ़ बोर्ड की 123 संपत्तियों- जिसमें मस्जिद, दरगाह और क़ब्रिस्तान शामिल हैं, को अपने क़ब्ज़े में लेने की बात कही है. बोर्ड के अध्यक्ष और आप विधायक अमानतुल्ला ख़ान का कहना है कि इस मामले से संबंधी उनकी याचिका हाईकोर्ट में लंबित है और वे केंद्र को इन संपत्तियों का अधिग्रहण करने नहीं देंगे.