आरोग्य सेतु ऐप साल 2020 में अपनी लॉन्चिंग के साथ सवालों के घेरे में था. साइबर सुरक्षा विशेषज्ञों का कहना था कि सरकार इस ऐप के ज़रिये नागरिकों की काफ़ी निजी जानकारी इकट्ठा करती है, जो अप्रत्यक्ष रूप से निगरानी के लिए इस्तेमाल की जा सकती है. केंद्र सरकार ने इन चिंताओं को ख़ारिज कर दिया था.
दिल्ली की एक स्थानीय अदालत ने एक महिला पर हमला करने के आरोपी की ज़मानत अवधि बढ़ाते हुए आरोग्य सेतु ऐप इंस्टॉल करने का निर्देश देते हुए कहा कि यह अवधि पूरी होने तक उसे लोकेशन, जीपीएस और ब्लूटूथ को हमेशा ऑन रखना है.