राष्ट्रीय बाल अधिकार संरक्षण आयोग ने सभी राज्यों और केंद्र शासित प्रदेशों को लिखे पत्र के साथ अपनी एक रिपोर्ट भी भेजी है, जिसमें दावा किया गया है कि मदरसे बच्चों के शैक्षणिक अधिकारों का उल्लंघन करते हैं.
मुज़फ़्फ़रनगर के निजी स्कूल में मुस्लिम छात्र को साथी छात्रों द्वारा पीटने के लिए कहने के मामले की सुनवाई करते हुए सुप्रीम कोर्ट ने यूपी पुलिस की कार्रवाई पर भी सवाल उठाए और सरकार को आरोपी अध्यापिका के ख़िलाफ़ दर्ज मामले की निगरानी के लिए फ़ौरन एक आईपीएस अधिकारी नियुक्त करने का निर्देश दिया है.
केंद्र सरकार ने मौलाना आज़ाद नेशनल फेलोशिप, अल्पसंख्यक छात्रों को दी जाने वाली प्री-मैट्रिक छात्रवृत्ति बंद कर दी थी, साथ ही विदेश में पढ़ाई हेतु लिए गए ऋण पर ब्याज में सब्सिडी देने वाली 'पढ़ो परदेस' योजना भी बंद कर दी गई थी. इसे लेकर कांग्रेस के वरिष्ठ नेता पी. चिदंबरम ने केंद्र पर निशाना साधते हुए कहा कि सरकार अपनी अल्पसंख्यक विरोधी नीति का ख़ुलेआम प्रदर्शन कर रही है, मानो कि वह कोई सम्मान की बात हो.