अलगाववादी नेता मसरत आलम भट की अध्यक्षता वाली मुस्लिम लीग पर बैन लगाते हुए गृह मंत्रालय की अधिसूचना में कहा गया कि इसके सदस्य पाकिस्तान सहित विभिन्न स्रोतों के ज़रिये धन जुटाने और इसके प्रॉक्सी संगठन आतंकवादी गतिविधियों के समर्थन, जम्मू कश्मीर में सुरक्षा बलों पर पथराव में शामिल रहे हैं.
अलगाववादी नेता शब्बीर अहमद शाह को ईडी ने साल 2017 को मनी लॉन्ड्रिंग के एक मामले में गिरफ़्तार किया था. वह टेरर-फंडिंग मामले में भी आरोपी हैं और दिल्ली की एक जेल में बंद हैं. गृह मंत्रालय ने उनके नेतृत्व वाली जम्मू-कश्मीर डेमोक्रेटिक फ्रीडम पार्टी पर कथित भारत विरोधी और पाकिस्तान समर्थक गतिविधियों के लिए यूएपीए के तहत प्रतिबंध लगा दिया है.
जम्मू कश्मीर से अनुच्छेद 370 को हटाए जाने के बाद से जन सुरक्षा कानून (पीएसए) के तहत हिरासत में लिए गए लोगों के वकीलों और परिजनों का कहना है कि जम्मू कश्मीर और लद्दाख हाईकोर्ट में सुनवाई के दौरान इन मामलों को दैनिक कार्य सूची में इतना नीचे स्थान दिया जाता है कि ये सुनवाई के लिए जज तक पहुंच ही नहीं पाते हैं, जिससे क़ैद से लोगों का बाहर आना चुनौती बना हुआ है.
पच्चीस साल तक राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ के कार्यकर्ता रहे यशवंत शिंदे ने सीबीआई की विशेष अदालत के समक्ष दायर एक हलफ़नामे में दावा किया है कि 2006 नांदेड़ धमाके से तीन साल पहले विहिप के एक वरिष्ठ नेता ने उन्हें आतंकी प्रशिक्षण शिविर के बारे में बताया था, जो 'देशभर में बम धमाके करने के इरादे से चलाया गया था.'