सितंबर 2016 में तत्कालीन रक्षा मंत्री मनोहर पर्रिकर और फ्रांस के रक्षा मंत्री के बीच राफेल क़रार पर दस्तख़त हुए थे, उसके ठीक पहले रक्षा मंत्रालय के एक वरिष्ठ अधिकारी ने राफेल लड़ाकू विमानों की कीमतों को लेकर सवाल उठाए थे और इसे फाइल में दर्ज किया था.
राफेल विवाद पर चुप्पी तोड़ते हुए फ्रांस के वर्तमान राष्ट्रपति इमैनुएल मैक्रों ने कहा, 'यह सरकार का सरकार के साथ हुआ क़रार था. उस वक़्त मैं पद पर नहीं था. मैं सिर्फ इतना जानता हूं कि हमारे नियम स्पष्ट थे.’