सुप्रीम कोर्ट में अखिल भारतीय मुस्लिम पर्सनल लॉ बोर्ड द्वारा दायर याचिका में कहा गया कि पूजा स्थल (विशेष प्रावधान) अधिनियम, 1991 लोगों के किसी भी वर्ग के सांस्कृतिक अधिकारों का उल्लंघन नहीं करता है और यह संविधान की मूलभूत विशेषताओं पर आधारित है, जो संशोधन योग्य नहीं हैं.
मध्य प्रदेश के उज्जैन निवासी भाजपा के पूर्व सासंद चिंतामणि मालवीय ने पूजा स्थल (विशेष प्रावधान) अधिनियम, 1991 की धारा 2, 3 और 4 की संवैधानिक वैधता को चुनौती देते हुए दावा किया गया है कि ये धाराएं धर्मनिरपेक्षता के सिद्धांतों का उल्लंघन करती हैं. उन्होंने कहा है इन धाराओं के माध्यम से बर्बर आक्रांताओं द्वारा अवैध रूप से बनाए गए ‘पूजा स्थलों’ को मान्य करने का प्रयास किया गया है.
सुप्रीम कोर्ट ने पूजा स्थल अधिनियम 1991 की संवैधानिक वैधता को चुनौती दी गई है. राम जन्मभूमि-बाबरी मस्जिद विवाद के बीच तत्कालीन पीवी नरसिम्हा राव सरकार ने यह क़ानून पारित किया था, ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि दूसरे किसी पूजा स्थल पर विवाद नहीं खड़ा हो सके. इसके तहत अयोध्या को छोड़कर सभी धर्म और पूजा स्थलों की स्थिति, अधिकार और मालिकाना हक़ 15 अगस्त 1947 के पहले जैसे ही बरक़रार रहेंगे.