सनातन संस्था के तीन फेसबुक पेज सितंबर 2020 में ब्लॉक कर दिए गए थे. संस्था का कहना है कि यह अभिव्यक्ति की स्वतंत्रता का उल्लंघन है.
वॉल स्ट्रीट जर्नल की एक रिपोर्ट के अनुसार, फेसबुक की सुरक्षा टीम ने सोशल मीडिया कंपनी को चेतावनी दी थी कि अगर प्लेटफॉर्म से बजरंग दल को प्रतिबंधित किया गया, तो जवाबी तौर पर संभावित हमला हो सकता है.
अंधविश्वास विरोधी कार्यकर्ता डॉ. नरेंद्र दाभोलकर की 20 अगस्त, 2013 को पुणे में गोली मार कर हत्या कर दी गई थी. दाभोलकर के परिवार ने कहा है कि सीबीआई को इस साज़िश के मास्टरमाइंड को खोजना होगा, वरना तर्कवादी विचारकों, कार्यकर्ताओं और पत्रकारों के लिए ख़तरा बना रहेगा.
सामाजिक कार्यकर्ता एवं पत्रकार गौरी लंकेश की पांच सितंबर 2017 को उनके घर के बाहर गोली मारकर हत्या कर दी गई थी. एसआईटी ने बताया कि गिरफ़्तार आरोपी गौरी लंकेश की हत्या की साज़िश का हिस्सा है और इस मामले में 18वां आरोपी है.
हत्यारों को जिस जगह कथित तौर पर प्रशिक्षण दिया गया था, वो जगह सनातन संस्था और इससे संबद्ध हिंदू जनजागृति समिति से जुड़े हुए एक बिजनेसमैन की है.
वरिष्ठ पत्रकार गौरी लंकेश की हत्या मामले में गिरफ्तार शरद कालसकर ने 14 पेज के कबूलनामे में तर्कवादी नरेंद्र दाभोलकर और गोविंद पनसारे की हत्या में भी शामिल होने की बात स्वीकार की है.
विशेष लोक अभियोजक ने अदालत को बताया कि गिरफ़्तार वकील संजीव पुनालेकर ‘सनातन संस्था’ से भी जुड़े हुए हैं और उन्होंने मामले में अन्य आरोपियों के साथ साज़िश रची थी. वहीं उनका सहायक विक्रम भावे 2008 के ठाणे बम विस्फोट मामले में दोषी है.
सीबीआई ने बताया कि वकील संजीव पुनालेकर और सनातन संस्था के सदस्य विक्रम भावे को गिरफ़्तार कर लिया गया है. पुनालेकर, वकीलों के एक संगठन हिंदू विद्धिन्य परिषद के अध्यक्ष हैं जो कि सनातन संस्था का ही एक अनुसांगिक संगठन है. वहीं, विक्रम भवे पुनालेकर के ऑफिस में काम करता है.
कोर्ट ने सीबीआई को जनवरी के पहले सप्ताह में यह सूचित करने का निर्देश दिया कि यदि इन सभी मामलों में एक समानता नज़र आती है तो उसे सभी मामलों की जांच क्यों नहीं करनी चाहिए.
गौरी लंकेश हत्याकांड की जांच कर रहे विशेष जांच दल द्वारा शुक्रवार को स्थानीय अदालत में दाखिल अतिरिक्त आरोप पत्र में यह भी बताया कि संस्था की 'हिट लिस्ट' में द वायर के संस्थापक संपादक सिद्धार्थ वरदराजन का भी नाम था.
सीबीआई ने तर्कवादी नरेंद्र दाभोलकर की हत्या मामले में हिंदू जनजागृति समिति के सदस्य ईएनटी सर्जन वीरेंद्र सिंह तावड़े, सचिन आंदुरे और शरद कालास्कर सहित छह लोगों को गिरफ़्तार किया है.
सनातन संस्था एवं हिंदू जनजागृति समिति जैसे ‘आध्यात्मिक’ कहे जाने वाले संगठनों से कथित तौर पर संबद्ध कई लोगों की गिरफ़्तारी इनकी अतिवादी गतिवधियों की ओर इशारा करती है. बीते दिनों सामने आया एक स्टिंग ऑपरेशन बताता है कि अपनी संगठित हिंसक गतिविधियों के बावजूद इन संगठनों को मिले राजनीतिक संरक्षण के चलते उनके ख़िलाफ़ सख्त कार्रवाई से हमेशा बचा गया.
इंडिया टुडे के एक स्टिंग में सनातन संस्था से जुड़े लोग इस बात को स्वीकार करते नज़र आए हैं कि वो साल 2008 में महाराष्ट्र के ठाणे, वासी और पनवेल में बम रखने की घटना में शामिल थे.
महाराष्ट्र के गृह मंत्री दीपक केसरकर ने कहा था कि राज्य सरकार ने संगठन पर प्रतिबंध लगाने के लिए केंद्र सरकार के पास एक प्रस्ताव भेजा है.
महाराष्ट्र के पांच शहरों मुंबई, पुणे, सोलापुर, सतारा और नालासोपारा में धमाके की योजना का पर्दाफाश हुआ है. इस मामले में सनातन संस्था, हिंदू जनजागृति समिति, हिंदू गोवंश रक्षा समिति, श्री शिवप्रतिष्ठान हिंदुस्तान जैसे संगठनों के नाम आए हैं.