मेघालय के मुख्यमंत्री कोनराड संगमा ने एक इंटरव्यू में बताया है कि नागरिकता संशोधन अधिनियम (सीएए) के पहले मसौदे में किसी भी राज्य के लिए छूट का प्रावधान नहीं था, लेकिन हमारे चिंता जताने के बाद केंद्र सरकार एक प्रावधान लेकर आई, जिसके तहत मेघालय और छठी अनुसूची तथा इनर परमिट लिमिट वाले अन्य क्षेत्रों को क़ानून से छूट दी गई है.
मेघालय के हिल स्टेट पीपुल्स डेमोक्रेटिक पार्टी (एचएसपीडीपी) प्रमुख केपी पांगियांग ने आरोप लगाया है कि तीन गांव - जॉयपुर, सलबाड़ी और हुवापाड़ा - लोगों की इच्छा के विरुद्ध असम को दे दिया गया. बीते मार्च में मेघालय के मुख्यमंत्री कोनराड संगमा और असम के उनके समकक्ष हिमंता बिस्वा शर्मा ने सीमा विवादों के हल के लिए एक समझौते पर हस्ताक्षर किए थे.
1972 में मेघालय को असम से अलग कर राज्य बनाया गया था. दोनों राज्यों के बीच समस्या तब शुरू हुई जब मेघालय ने 1971 के असम पुनर्गठन अधिनियम को चुनौती दी, जिसने मिकिर हिल्स या वर्तमान कार्बी आंगलोंग क्षेत्र के ब्लॉक एक-दो को असम को दे दिया. वर्तमान में 733 किलोमीटर लंबी सीमा पर विवाद के 12 बिंदु हैं.