ग़ैर-सरकारी संगठनों के एक समूह ने आरोप लगाया कि पर्यावरण सुरक्षा के लिए जीएम सरसों का परीक्षण देश की नियामक व्यवस्था में निर्धारित सीमित दिशानिर्देशों का उल्लंघन करता है. सरकार ने परीक्षण के दौरान नियमों के उल्लंघन के दावे का खंडन किया है.
भारतीय कृषि अनुसंधान परिषद के अध्यक्ष ने कहा कि कृषि क्षेत्र में पानी की खपत कम करने की ज़रूरत है. अत्यधिक सिंचाई से पानी और बिजली दोनों की बर्बादी होती है और उर्वरकों की क्षमता भी कम हो जाती है.
आलू की एक ख़ास किस्म उगाने की वजह से पेप्सिको इंडिया ने गुजरात के चार आलू किसानों के ख़िलाफ़ पेटेंट अधिकारों के उल्लंघन का आरोप लगाकर याचिका दायर की थी. साथ ही एक हर किसान से क्षतिपूर्ति के रूप में 1.05 करोड़ रुपये की मांग की थी.
अमेरिकी कंपनी पेप्सिको ने अदालत में दावा किया कि अपने उत्पाद लेज़ चिप्स बनाने के लिए आलू की यह किस्म उगाने का अधिकार सिर्फ़ उसके पास है. अदालत ने चारों किसानों पर आलू की ख़ास किस्म उगाने पर रोक लगाई.