ग़ैर-सरकारी संगठनों के एक समूह ने आरोप लगाया कि पर्यावरण सुरक्षा के लिए जीएम सरसों का परीक्षण देश की नियामक व्यवस्था में निर्धारित सीमित दिशानिर्देशों का उल्लंघन करता है. सरकार ने परीक्षण के दौरान नियमों के उल्लंघन के दावे का खंडन किया है.
भारतीय कृषि अनुसंधान परिषद ने अपने सेवारत और पूर्व अधिकारियों को एक आदेश जारी करते हुए कहा है कि वे जीएम सरसों की पर्यावरणीय मंज़ूरी के संबंध में कोई भी राय व्यक्त न करें, न लेख लिखें. इस क़दम की आलोचना करते हुए पर्यावरणविदों, कृषि विशेषज्ञों और सामाजिक कार्यकर्ताओं ने कहा है कि जीएम सरसों के संबंध में छिपाने के लिए काफी कुछ है.