2017 में एनएचआरसी ने अपनी जांच में पाया था कि अक्टूबर 2016 में कथित तौर पर भोपाल जेल तोड़कर भागे आठ विचाराधीन क़ैदियों की मुठभेड़ में मौत के बाद से जेल में रहने वाले सिमी से जुड़े 28 क़ैदियों को प्रताड़ित करते हुए बुनियादी मानवाधारिकारों से वंचित रखा गया. आयोग ने जेल अधिकारियों के ख़िलाफ कानूनी कार्रवाई की सिफारिश की थी.
गुजरात में सूरत की एक अदालत ने अपने आदेश में कहा कि अभियोजन यह साबित करने के लिए ठोस, विश्वसनीय और संतोषजनक साक्ष्य पेश करने में नाकाम रहा कि आरोपी सिमी से जुड़े हुए थे और प्रतिबंधित संगठन की गतिविधियों को बढ़ाने के लिए एकत्र हुए थे.
केंद्र सरकार ने स्टूडेंट्स इस्लामिक मूवमेंट ऑफ इंडिया पर यूपीए सरकार द्वारा 2014 में लगाए गए प्रतिबंध को बढ़ाते हुए कहा कि यह संगठन सांप्रदायिक सद्भाव बिगाड़ सकता है और इसकी गतिविधियां देश की सुरक्षा के लिए ख़तरा हैं.
प्रतिबंधित संगठन सिमी के आठ विचाराधीन क़ैदी 30 अक्टूबर की रात भोपाल केंद्रीय जेल से एक सुरक्षाकर्मी की हत्या करने के बाद फ़रार हो गए थे. इसके बाद पुलिस ने 31 अक्टूबर की सुबह आठों क़ैदियों को मार गिराया था.
राष्ट्रीय मानवाधिकार आयोग ने एक जांच में भोपाल सेंट्रल जेल में सिमी से जुड़े विचाराधीन कैदियों से साथ उत्पीड़न की शिकायतों को सही पाया है और इसके लिये जेल स्टाफ के ख़िलाफ़ क़ानूनी कार्यवाही की अनुशंसा की है.
मुठभेड़ में मारे गए सिमी कार्यकर्ताओं के परिजनों की याचिका पर सुप्रीम कोर्ट ने केंद्र और मध्य प्रदेश सरकार से जवाब मांगा है.
कैदियों के परिजनों ने उत्पीड़न के आरोप लगाते हुए राष्ट्रीय मानवाधिकार आयोग का दरवाजा खटखटाया था.