एम्स के जय प्रकाश नारायण एपेक्स ट्रॉमा सेंटर की वजह से सरकार को करीब पचास लाख रुपए का नुकसान हुआ. संस्थान ने एक कंपनी के भुगतान को देर तक लंबित रखा, जिसके परिणामस्वरूप लम्बी क़ानूनी लड़ाई चली, लेकिन एम्स हर पड़ाव पर परास्त हुआ. जब स्वास्थ्य मंत्रालय ने एम्स को नोटिस भेजा, एम्स ने जवाब तक नहीं दिया.