राष्ट्रीय बाल अधिकार संरक्षण आयोग ने सभी राज्यों और केंद्र शासित प्रदेशों को लिखे पत्र के साथ अपनी एक रिपोर्ट भी भेजी है, जिसमें दावा किया गया है कि मदरसे बच्चों के शैक्षणिक अधिकारों का उल्लंघन करते हैं.